תוך שניות ספורות חצו יחידות המסתערבים המיוחדות הישראליות, באמצעות כלי רכב מקומיים הנושאים לוחיות פלסטיניים, את הכביש הראשי, ג'נין-שכם, ליד הכפר "ביר אל-באשה", והחלו לירות מטר כדורים כבדים לעבר "פיג'ו 2006". לאחר מכן תקף רכב אחר עם פצצות נוספות. כדורים, בהוצאה להורג שצבא הכיבוש טען בהודעתו תקף חוליה פלסטינית שהייתה בדרכה לבצע פיגוע.

תוך רגעים ספורים הפך השטח לשטח צבאי סגור לאחר שהכיבוש שלח תגבורת צבאית נוספת לתמוך ביחידה המיוחדת שביצעה את המבצע בשיתוף צבא הכיבוש ושירות השב"כ, תוך ששררה אווירה של כעס ודריכות. באזור ג'נין לאור שליטת הכיבוש באזור והיעדר מידע על היעדים לפני הכיבוש הודיע ​​כי הרג שלושה לוחמי התנגדות, בעוד שצוותי האמבולנס של הסהר האדום הפלסטיני נעצרו ונמנעו מלהגיע לרכב. .

האזרח אבו עלאם, שביתו ממוקם באזור, סיפר ל-Al-Quds.com: לפתע שמענו ירי כבד באזור עמוס בכלי רכב, אך חיילי הכיבוש לא עמדו בשום תקנים וירו ללא הפסקה לעבר רכב שסטה ממסלולה, וכל מי שבתוכו הפך ללא תנועה, והם הוצאו להורג מיד.

בזירת הפעילות עבר ברכבו האזרח סאמר מחמוד עם משפחתו, והוא הופתע מהאימה ממה שראה, והוא אומר: נהגתי ברכב שלי כרגיל, ובדרך נס נמלטתי מהמקום. מארב, כי הופתעתי משלושה כלי רכב פלסטינים, שעצרו באמצע הכביש, אחד כמה מטרים מאיתנו, השני, והשלישי הם סגרו את הרחוב, ולפני שחשבתי על מה שקורה, ראיתי 10 חמושים חיילים במדי הצבא, יורים בנשק ללא הפסקה לעבר רכב פיג'ו, ואני לא יודע איך הוא עצר ונסוג לאחור, והחיילים המשיכו לירות לעבר הרכב שעצר ולא יכולנו לראות מי נמצא בו, ו למרות שלא הופיעה תנועה, הירי לא נעצר בה, ואז לעבר רכב אחר שיצא מהרחוב והתנגש בעצים ליד המדרכה".

בתוך כך, הופיעה קבוצה נוספת של כלי רכב פלסטינים, לתמוך ביחידת ההוצאה לפועל, וסגרה את הרחוב הראשי מהכניסה לעיירה עראבה ומצומת הכיכר המרכזית עד לזירת המבצע, וירתה לעבר ההמונים הפלסטינים שהתאספו. במצב של טמטום וזעזוע מאימת הזירה, שהובילה לפרוץ עימותים אלימים שנמשכו.עד שכוחות גדולים של כיבוש הסתערו על האזור באמצעות סיורים צבאיים והטילו עליו, לדברי עדים, מצור הדוק. וכוח נוסף הלך למקום זירת הפשע.

הזירה לא הסתיימה באותו הרגע, והעדים אמרו לכתב Al-Quds.com כי הכיבוש עיכב את האמבולנסים הפלסטינים שמיהרו למקום ומנעו את כניסתם אליו, ולאחר 15 דקות, וווידאו את הביצוע. החיילים שפתחו באש התקדמו לעבר הרכב.

לטענת התושבים, חיילי הכיבוש ערכו חיפוש בגופות החללים ובשני כלי הרכב, ולאחר מכן גררו את רכב הפיג'ו, שבתוכו היו שלושת הקדושים, למחסום הצבאי "דותן" הסמוך לעיירה עראבה. לכיוון הרכב להשלים את תהליך הביצוע.

לאחר שכוחות הכיבוש נסוגו וגררו את הרכב, מצאו התושבים על הקרקע חלקים סמוכים ממוחם של הצעירים, כתוצאה מפיצוץ ראשיהם מירי נקודתי.

מעצר גופות השהידים על ידי הכיבוש עורר זעם, ובאותה עת התקיימו במחנה ובעיר ג'נין ובכפר ג'לקומוס עצרות המוניות, שהטילו על הכיבוש אחריות לפשע ההוצאה להורג ודרשו את מסירת הגופות. מבין שלושת הקדושים, שהם: נאיף ג'יהאד אבו סוויס (בן 26), ולוחם ההתנגדות חליל (לואי) ניזאר נימר אבו נסה (24 שנים), והילד בראא אחמד פאיז אל-כרם (15 שנים) , מהכפר ג'לקמוס, מזרחית לג'נין.